你的j2se只学了一点而已，不管怎样，都要先把j2se学好，这是基础。j2se的学习顺序一般是这样的：基础语法 -> 面向对象入门 -> 异常处理 -> 数组 -> 常用类 -> 容器（相当重要） -> IO -> 线程 -> 网络 -> GUI。
既然你io，thread都学了，其余那些还有没学的，建议去看看马士兵的j2se视频，其实我觉得如果想打好基础的话，这套视频应该全部过过，特别是开始的内存分析和面向对象分析。学完j2se要做做几个基础的桌面项目，像什么贪吃蛇啊、俄罗斯方块、简单的聊天器等等，这样才能把知识整合起来，加深对j2se的理解。
如果想走j2ee路线的话，接下来应该学数据库，再学html、css、JavaScript、jsp/servlet，也就是web的入门，之后做做web项目，比如小bbs、网上商城等等。学通了就学框架，这期间会穿插很多东西，例如xml、uml、log4j、jUnit等等，最后学设计模式和面向对象的分析。计算机的东西是很多的，不要学死，也不要想着学完，最重要的是学会解决问题的方法。开始肯定要模仿别人的代码，不断模仿，多看，看完一定要自己写几遍，只有能写出来了的，才是自己的东西，建议开始时多背点东西，包括一些常用类啊、一些概念性的东西，因为背多了自己就熟悉了。
马士兵的视频：http://www.verycd.com/topics/93279/
数据库的要另找，网上能找到马士兵的Oracle，讲的很不错的！！
shopping这个项目也有从头带到尾的，也是马士兵的，要找找
做项目是很重要的，从简单的做起，慢慢体会其中的分析与设计
学java还是从视频入门的好，千万不要一开始就去看《Thinking in java》，吃力不讨好，学到web时可以看看张孝祥的《深入体验JAVA Web开发内幕——核心基础》，写的很详细，不过他的视频一般，JavaScript就看《JavaScript高级程序设计》，html比较简单，css也比较简单，不过css布局因人而异，有人觉得很好理解，有人觉得很难，搞个Dreamweaver多练练也就熟悉了。设计模式可以看《大话设计模式》，入门很好！
补充一点：张孝祥的那本《深入体验JAVA Web开发内幕——核心基础》真的很不错的！！而JavaScript的就不行，不够细，而且太多其他内容（html、css的，而且写的一般），他写的那本java的书就没看过，不知道怎样，另外，他的视频实在不好，在念书一样。个人认为，还是马士兵的视频好，讲的很好，而且还讲了很多学习的方法，很适合入门，还有，不要一下子下一大堆的视频，不要把什么孙鑫、张孝祥、马士兵的全下，你是看不完的！你可以先下他们的第一集，看看谁的讲课方式适合自己，再做定夺，不过个人十分推荐马士兵的，真的讲的很好！！！
记住：不断敲代码、敲代码、敲代码….. 程序是写出来的，不写学到死也学不会的！！！
主要还是看你想要走哪个方向！
java的应用主要分三个方向
j2se:传统桌面应用程序
这个现在用的已经越来越少，而且java的优势体现的不够彻底
j2me:手机上的应用程序
这个本人比较看好，但是现在的市场貌似还没有完全打开
j2ee:大型企业级开发，运行在web上的应用程序
这个是我现在的主要发展方向，也是java这个技术的主要发展方向。
前面两个，我不是很熟悉，所以就不帮你介绍了
主要为你介绍一下如何系统的学习j2ee的内容：
1、首先你必须学会java基础
包括java语言基础，以及一些常用的类，多线程，IO流，网络编程等
2、学习jsp
在学习jsp之前，必须了解html和javascript
然后再去学习jsp的基本语法，以及什么是servlet
什么是javabean
3、框架的学习
为了增加开发效率，现在的很多开发人员和很多的公司都会使用第三方框架
主流的是struts,spring,hibernate。
4、学一门富客户端的语言
这个是我现在的学习方向，随着网络的发展，浏览器能展示的东西越来越多，
客户对客户端的需求也越来越高，所以我相信富客户端会是以后web软件的
发展方向。
最后，告诫你一点：基础是最重要的，只有基础牢固才有可能最后面的学习有更加深刻的认识！好吧，就到这，希望能够对你有帮助…
时间控制的话，需要看你自己的学习状况来定。
掌握一个原则，在自己的承受范围之内就可以了。
有钱去搞个培训，没钱下套视频。
会看书的话，去搞本《Thinking in Java》,还有那两本黄皮的JAVA 初级基础 和 高级特性。
se学完之后可以先写几个小的项目练练手。
如果感觉好的话，就可以看看自己的方向了，关于方向方面1楼的回答已经很不错了。